Oppdrettsvirksomhet, som all annen menneskelig aktivitet, påvirker det omkringliggende miljøet. Oppdrett av laksefisk har vokst seg til en stor næring i Norge. En slik vekst krever at aktørene også blir stadig flinkere til å løse næringens miljøutfordringer. Denne seksjonen omhandler noen av de direkte utslippene fra oppdrettsanlegg langs kysten.

Organisk materiale
Et stort oppdrettsanlegg tilfører fjorden relativt store mengder utslipp i form av ekskrementer og fôrspill. Nedbrytning av organisk materiale som tilføres vannmassene fra fiskeoppdrett kan føre til oksygenmangel i fjordmiljøet. Utslipp av næringssaltene nitrogen og fosfor forsterker dette, ved at biomasseproduksjonen i vannet gjødsles.

Endret miljøkvalitet i vannet kan ha stor effekt på biologisk mangfold. Men slike lokalt skadelige effekter gjør seg først gjeldende når lokalitetens bæreevne overskrides. Et fjordområde tåler en viss mengde av denne type utslipp og det er viktig å begrense oppdrettsvirksomheten til under denne grensen. I dag ligger de fleste anleggene på dype lokaliteter med god vannutskiftning, og problemet med overbelastning av fjordområder er redusert i forhold til oppdrettsnæringens tidlige år. Veksten i norsk produksjon av oppdrettsfisk fører imidlertid til jevnt økende utslipp. Ved stadig mer intensiv bruk av fjordarealene bør man etablere et fast, obligatorisk system som sikrer at produksjonen er tilpasset bæreevnen.

Legemidler
I et oppdrettsanlegg står det mye fisk. I tette forekomster av fisk vil det alltid være fare for utbrudd av ulike sykdommer eller at parasitter skal få gode vilkår. De viktigste tiltakene mot sykdom vil alltid være forebyggende arbeid som å sikre god vannkvalitet og vaksinering av fisk. Ved utbrudd benyttes legemidler som enten via fôr eller direkte i vannet ved såkalt badbehandling. Legemiddelbruken i oppdrett kan deles inn i tre hovedpreparater; antibiotika, lakseluskjemikalier og bedøvelsesmidler.

Ved bruk av legemidler i en åpen oppdrettsmerd vil deler av disse bli tilført lokalmiljøet hvor det kan medføre negative effekter.

Kobberimpregnering
For å sikre god vannkvalitet i et oppdrettsanlegg er det viktig med rene nøter som gir god vanngjennomstrømning. I dag benyttes i hovedsak kobberimpregnering til å holde begroingen i sjakk. Kobber er akutt giftig for flere vannlevende organismer og hindrer dermed påslag av alger på oppdrettsnota. I Norge benyttes det årlig rundt 200 tonn kobber til dette formålet. Beregninger viser at cirka 80 prosent av dette kobberet tilføres anleggets nærmiljø.

Flere oppdrettere har imidlertid erstattet bruken av kobberimpregnering med ulike mekaniske løsninger uten bruk av kjemikalier. Studier ved SINTEF Havbruk viser at disse løsningene i tillegg til å være miljømessig bedre også i mange tilfeller er økonomisk fordelaktige for oppdretter.